有了交易主體、交易工具及交易媒介，只是有了形成市場的可能，要使金融市場成為現實的市場並正常運轉，還需要一定的制度安排——組織方式。金融市場的組織方式就是把交易雙方和交易對象通過金融機構這個媒介聯繫起來，共同確定交易價格，最終實現轉讓交易對象目的的形式。金融市場的組織方式主要有拍賣方式和櫃臺方式兩種。
1.拍賣方式
金融市場上的拍賣方式（auction）是指所有的金融交易都採取拍賣的方式成交，買賣雙方通過公開競價來確定買賣的成交價格。
目前，公開競價有兩種方式：一種是人工拍賣，即由金融工具的出售方通過呼喊加手勢的方式報出要價，購買方之間激烈競爭，報出買價，出價最高的購買方將最終獲得所售金融工具；
另一種方式是計算機自動撮合，即買賣雙方不必直接見面，而是分別將欲買和欲售金融工具的價格輸入計算機，由計算機按照時間優先、價格優先的原則自動配對，實現成交。時間優先是指同樣的價格先提出的優先成交。價格優先對購買方而言，是指同一時間提出，價格高的優先成交；對出售方而言，是指同一時間提出，價格低的優先成交。金融市場工具的拍賣在交易所內進行。交易所內除了有真正要買賣金融工具的市場參與者之外，還有受人委托代理買賣的經紀人和股票交易商。他們由作為交易所會員的經紀人公司和證券公司派出，這些公司受實際投資者、籌資者、保值者或者投機者的委托，按照委托人的要求以盡可能有利的價格進行交易。這是拍賣方式的一大特點。
拍賣方式可以分為單向拍賣（one-way auction）和雙向拍賣（two-way auction）。
①單向拍賣方式的交易雙方，一方是一個交易群體（trading crowd），而另一方是一個交易單位。後者報出買賣金融工具的出價或要價；前者中的各個交易單位圍繞報價展開競爭，競相抬價以求買進或者競相壓價以求售出。最後，後者將要出售的金融工具賣給出價最高的交易方，或以最低的價格購得要購買的金融工具。
②雙向拍賣方式的交易雙方都是交易群體，交易雙方在買賣某種交易工具時，以該種工具上次成交的價格為基礎，分別提出各自的出價和要價。買方希望以較低價格買入，賣方希望以較高價格賣出。買方群體中不斷有人為買進而提高出價，賣方群體中不斷有人為賣出而降低要價，這樣雙方的報價逐漸接近，到雙方群體中最高出價和最低要價相等時便可以成交。
2.櫃臺方式
櫃臺方式（over-the-counter）是指通過作為交易中介的證券公司來買賣金融工具，而不是通過交易所競價方式確定交易價格。在這種方式中，金融工具的買賣雙方分別同證券公司進行交易，或者將出售的金融工具賣給證券公司，或者從證券公司買進欲購買的金融工具。
在以櫃臺方式組織的金融交易中，買賣價格不通過交易雙方直接競爭來確定，而是由證券公司根據市場行情和供求關系自行確定。對於同意交易的某種金融工具，證券公司以雙價制（ask and bid system）的方式進行掛牌，即同時報出該工具的買入價格（bid price）和賣出價格（asked price），表示願意以所報出價格買入或者賣出金融工具。證券公司一旦對某種金融工具報出雙價，則在報出新的價格之前，不得拒絕以已經報出的買入或者賣出價格來買賣該種工具。一般證券公司的報價中買入價格低於賣出價格，價差（spread）就是證券公司的主要利潤來源。
