現金流折現法是預期未來現金流和折現率的估價方法。在給定的情況下，如果被估價資產當前的現金流為正，並且可以比較可靠地估計未來現金流的發生時間，同時，根據現金流的風險特性又能夠確定出恰當的折現率，那麼就適合採用現金流折現法。
但現實情況往往並非如此，實際的條件與糢型假設的前提條件往往相距越遠，此時現金流折現法的運用就會變得很困難。在下列情況下，使用現金流折現法進行估價將會遇到比較大的困難，需要進行相應的調整或選擇其他的估價法：
1.陷入財務拮據狀態的公司
公司處於財務拮據狀態時，當前的收益和現金流通常為負，並且無法預期公司未來何時會好轉。由於此類公司破產的可能性很大，所以估計其未來的現金流十分困難。現金流折現法更適用於公司能夠持續給投資者帶來正的現金流的情況，對這類企業的效果並不理想。
2.收益呈周期性變化的公司
周期性公司的收益和現金流往往隨宏觀經濟環境的變化而變化，經濟繁榮時公司收益上升，經濟蕭條時則下降甚至處於困境。對於周期性公司，在估價前對宏觀經濟環境進行預測是必不可少的，但這種預測必然會導致分析人員的主觀偏見，並且成為影嚮估價結果的一個因素。
3.擁有未被利用的資產的公司
現金流折現法反映了公司當前所有產生現金流的資產的價值。如果公司有尚未利用的資產（當前不產生任何現金流），這些資產的價值就不會體現在折現預期的未來現金流所獲得的價值中。同樣，當前未充分利用的資產也會產生類似問題，只是程度較淺。未充分利用的資產的價值會被現金流折現法低估。
4.有專利或產品選擇權的公司
公司常常擁有尚未利用的專利或產品選擇權，它們在當前並不產生任何現金流，預計在近期內也不能產生現金流，但它們是有價值的。對於這類公司，現金流折現法會低估它們的真實價值。
5.正在進行重組的公司
正在進行重組的公司通常會出售一些已有的資產，購買新的資產，並且改變它們的資本結構和紅利政策，一些公司還會改變其所有權結構（如由上市公司變為非上市公司）和管理層的激勵方案。這些變化都將使公司未來現金流的預測變得更為困難，並且會影嚮公司的風險特性，進而影嚮折現率。历史數據會對這類公司的估價產生誤導作用。
6.非上市公司
運用現金流折價法對非上市公司進行估價時，最大的問題是公司風險的度量（用於估算折現率）。因為風險參數一般是通過分析資產的历史價格來估算的，而非上市公司的股票價格不在公開市場上進行交易，所以沒法滿足這個要求。
