在回购市场中，利率是不统一的，利率的确定取决于多种因素，这些因素主要有四个。
（一）用于回购的证券的质地
证券的信用度越高，流动性越强，回购利率就越低；否则，利率就会相对来说高一些。
（二）回购期限的长短
一般来说，期限越长，由于不确定因素越多，因而利率也应高一些。但这并不是一定的，实际上利率是可以随时调整的。
（三）交割的条件
如果采用实物交割的方式，回购利率就会较低，如果采用其他交割方式，则利率就会相对高一些。
（四）货币市场的利率水平
回购协议的利率水平不可能脱离货币市场其他子市场的利率水平而单独决定，否则该市场将失去其吸引力。它一般是参照同业拆借市场利率而确定的。由于回购交易实际上是一种用较高信用的证券特别是政府证券作抵押的贷款方式，风险相对较小，因而利率也较低。