引起商業銀行流動性風險的原因是多方面的，如「存短貸長」的資產負債結構引發的內在不穩定因素、客戶投資行為的變化、突發性的存款大量流失等。
1. 「存短貸長」的資產負債結構引發的內在不穩定因素
商業銀行的資金來源由各種存款和各種借入款組成，其中大部分存款和借入款是短期的，但商業銀行的資金運用中，有相當一部分是中長期的貸款。也就是說，大量的短期負債被期限較長的貸款和其他投資所占用，這種「存短貸長」引起的資產與負債期限的不匹配，使商業銀行資產負債結構具有內在的不穩定性。
由於這種不合理的「存短貸長」的資產負債結構，商業銀行資產產生的現金流入很少能夠正好彌補因支付負債而導致的現金流出，從而引發商業銀行的流動性風險。一個與期限不匹配相關的問題是：商業銀行持有極高比例的即將到期的負債，如活期存款的提取、定期存款或其他借入款的到期，因此商業銀行面臨巨額現金支付的問題，另外在一些重要的節假日或特殊的時間，如西方國家的商業銀行在聖誕節前、我國的商業銀行在春節前、農邨地區的商業銀行在農忙季節，其客戶提現的壓力比較大。除了這些特殊時間外，在每年的正常時間內，其他條件不變的情況下，客戶存款基本上保持穩定，不少活期存款可以充當核心存款。
所謂核心存款，是指商業銀行的忠誠客戶所提供的相對穩定的存款。通常情況下，各商業銀行營業部的經理可以預測每個營業日的存款淨流失額的分布概率。美國的情況是：擁有核心存款和少部分購入資金的大多數美國商業銀行，其存款相對比較穩定，特別是當其存款有聯邦保險時，存款意外流失的可能性不是很大。
2．商業銀行客戶投資行為的變化
如今，完善發達的金融市場為投資者提供了眾多可選擇的投資途徑和方式。商業銀行客戶的投資行為會隨著許多因素的變化而改變。例如，市場利率降低時，存款利率相應降低，存款人就會將存款取出，投資於其他收益較高的項目，最典型的是存款人將存款取出來投資股票和債券，資金從商業銀行流向證券市場；另外，市場利率降低，貸款利率也會降低，企業籌資成本下降，貸款需求上升。這兩方面因素的作用，使商業銀行可能面臨流動性危機。由於利率的調整由中央銀行控制，且有突然性，商業銀行無法把握，對商業銀行的正常經營影嚮較大。
3．突發性的存款大量流失
突發性的存款大量流失是指由於某種突然因素導致商業銀行客戶大量提取存款（即擠兌），從而引發銀行流動性風險。
存款人的擠兌行為主要是由於存款人對商業銀行償付能力的懷疑和對存款發生損失或被凍結的恐懼而引起的。這種懷疑和恐懼常常在以下兩種情況下發生。
（1）當存款人了解到自己存款的商業銀行因大量資產成為獃賬或投資擔保等業務出現嚴重虧損時，由於存款人對該銀行的流動性風險的嚴重性及能否渡過難關的具體情況無法確切了解，擔心和恐懼就會產生。
（2）當其他商業銀行發生支付危機時，存款人很難判斷這種支付危機是否會傳染波及自己存款的商業銀行。因為一家商業銀行倒閉後，其他商業銀行在該行擁有的債權（如拆借給該行的資金）就會發生損失。在存款人無法確定自己存款的商業銀行所受的影嚮是否會影嚮到自己存款的安全償還時，他們也會產生擔心和恐懼。這種擔心和恐懼是在存款人對開戶銀行償付能力的資訊不完全了解的情況下產生的。
客戶擠兌導致商業銀行危機只是表象，深層次的問題還在於商業銀行本身。商業銀行的流動性風險往往是由於種種原因導致銀行資產質量惡化，商業銀行出現巨額虧損，資本充足率急劇下降，又無法以適當的成本籌措到所需要的資金滿足付現要求。在這樣的情況下，即使未出現擠兌，商業銀行也難逃破產清算或被強制兼並的厄運。
4．信用風險的影嚮
信用風險對流動性的影嚮在於商業銀行向客戶貸款是有風險的。這些風險或來自於客戶經營不善，或來自於商業銀行決策有誤。但不管風險來自於何方，信用風險一旦發生其直接後果就是貸款本息無法按期收回，商業銀行將遭受損失。同時，貸款本身的流動性很差，缺乏活躍的二級市場，因此，貸款一旦投放出去，即使商業銀行預見到風險的存在，也無法在到期前出售或轉讓貸款，而只有寄希望於客戶境況的好轉，但這時商業銀行已失去回避風險的主動權。
5．中央銀行政策的影嚮
中央銀行的金融政策與商業銀行的流動性之間有著密切的聯繫。當中央銀行採取擴張的貨幣政策時，商業銀行比較容易取得資金，存款急劇上升，客戶的貸款要求也很容易被滿足，流動性風險基本不會發生。當中央銀行採取緊縮的貨幣政策時，商業銀行向中央銀行的借款數額受到控制，整個社會的貨幣數量和信用總量減少，資金呈緊張趨勢，存款數量減少，貸款的需求量很高，發生擠兌的可能性增加。
6．金融市場發育程度的影嚮
金融市場發育的程度直接關系著商業銀行資產的變現和主動負債的能力，從而影嚮流動性。從資產方面看，短期證券和票據資產是商業銀行保證流動性需要的工具。當第一準備金不充足時，就要拋售它們中的一部分來獲得流動性。這種拋售行為必須以存在發育成熟、機制完備的金融市場為前提。金融市場不完備，證券和票據不能以合理的市場價格買賣，就會加大交易的成本和損失。從負債方面看，伴隨著負債業務的多樣化，負債工具二級市場的發展也日趨完善，這不僅促進了一級市場的發展，而且為商業銀行隨時獲得流動性開辟了途徑。
7．利率變動的影嚮
利率的變動對商業銀行的流動性影嚮很大，因利率敏感性資產和負債的結構差異，會產生以下兩種情況：
（1）當敏感缺口為正值，在資產與負債到期或重新定價時，資產的收益會多於負債的成本，導致現金的流入量大於流出量，這就會提供相當多的流動性。
（2）當敏感性缺口為負值，在資產或負債到期或重新定價時，資產的收益會少於負債的成本，現金流入量小於流出量，這時對流動性的影嚮也不大。若預期利率下降，存款額因社會投資和消費過度膨脹而急劇下滑。這就迫使銀行必須調動一切可利用的流動性，包括動用第二準備金和出售資產。更糟的是，商業銀行此時獲得主動性負債的能力已經很小，資金來源相當緊張。社會對貸款的需求會因投資過旺而成倍擴大，商業銀行會因不能提供貸款而失掉贏利的機會。短期證券因存款利率下降而提供了較高的收益率，但此時商業銀行已很難再籌措到投資資金。這樣，流動性在需求方面產生了巨大缺口，流動性風險會達到相當高的水平。
